Ein Lehrer unterrichtet seinen Schüler in allen relevanten Fächern, diese variieren abhängig vom Bundesland. Die schülereigenen Interessen gehen in unterschiedlicher Art und Intensität über diese Fächer hinaus. Der Lehrer nimmt dabei eher die Funktion eines Lernmoderators als die eines Fachkundelehrers ein. Das regelschul-typische Wissensungleichgewicht innerhalb der Schülerschaft wird aufgehoben, so dass auch Schüler, die mit mangelnder Selbstwirksamkeit zu kämpfen haben, gute schulische Leistungen realisieren können. Eine Vertrauensbasis zwischen Lehrer und Schüler soll gerade schulaversiven Jugendlichen Anreiz bieten, sich auf den Unterricht einzulassen.
Die Lehrer schaffen für ihre Schüler jeweils ein individuelles Setting, um die bestmöglichen Lernvoraussetzungen zu schaffen. Dies betrifft auch die Auswahl der genutzten Medien: So gibt es Schüler, für die es optimal ist, via Videotelefonie unterrichtet zu werden. Andere wiederum möchten sich nicht zeigen und kommunizieren lieber schriftlich oder per Telefon mit ihrem Lehrer. Ebenso sind die genutzten Lernmaterialien vielseitig und individuell wählbar. Neben den akkreditierten Lehrwerken kann der Unterricht mit gemeinschaftlich generierten Materialien, Praxisbeispielen, interessensgeleiteten Inhalten oder Filmmaterialien gestaltet werden.
Im halbjährigen Turnus fertigen die Lehrer Lernstandsberichte an, die den Verlauf der Beschulung und den bisherigen Fortschritt dokumentieren. Sie beschreiben die aktuellen und neu gewonnenen Kenntnisse, Fertigkeiten und Kompetenzen des Jugendlichen sowie die Motivation, Konzentrationsfähigkeit, Selbstständigkeit und Lernbereitschaft.
Die Beurteilung erfolgt in Form von schriftlichen Gutachten. Diese Form der Beurteilung berichtet über den schulischen Lern- und Leistungsstand und stellt den Zusammenhang zu individuellen Faktoren her.
Ein Großteil der Schüler strebt nach einiger Zeit einen staatlich anerkannten Schulabschluss der Sekundarstufe I an. Es können alle deutschen und österreichischen Schulabschlüsse absolviert werden. Eine interne Prüfungskommission entscheidet anhand des erarbeiteten Materials über die Prüfungszulassung.
Die Abschlüsse bauen inhaltlich aufeinander auf, weshalb die Schüler sie in der Regel auch chronologisch absolvieren. Das Durchlaufen mehrerer Prüfungen hat sich besonders für Schüler bewährt, die Prüfungsängste haben. So funktioniert das Erreichen des ersten Schulabschlusses oft als erfolgreiche Generalprobe für den letztlichen Schulabschluss, bei dem die Prüfungssituation bereits vertrauter ist.
Die Lehrer der web-individualschule bereiten ihre Schüler auf die Prüfungssituation vor und stehen virtuell unterstützend am Prüfungstag zur Seite. Bei großen Prüfungsängsten kann im Vorfeld eine persönliche Beratung vor Ort vereinbart werden, damit die Räumlichkeiten bei der Prüfung bereits bekannt sind. Für Schüler, die eine erhebliche Überforderung oder Angst in sozialen Interaktionen erleben, können Einzelräume organisiert werden, damit der Prüfungserfolg nicht durch eine gruppenbedingte Stresssituation beeinträchtigt wird. Dies geschieht im Rahmen von Nachteilsausgleichen.